位于东京西部的巨年夜“学园都会”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都会中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被赐与从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都会的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“理想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充斥不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而产生了巨年夜的变更。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各类各样的事件中。统率学园都会的“科学”方、与茵蒂克丝联系关系的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的进程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最年夜宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都会也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人赓续涌现。那些通过与上条有所联系关系，而使命运年夜为转变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对立。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交错之时，故事将年夜幅推进！！