近未来的东京，有着一个为了牟取“最强武器”而树立的两年夜组织，以开发最强武器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的配合目的只有一个，就是获得那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人能力把持的终极武器“WITCHBLADE”。地动灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生在世，然则，期待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残暴的命运……