作品以日本著名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案，将乱步的理想世界不雅与现代的舞台相联合。动画讲述在某所中学产生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林，与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。对于只搜查异常犯法的明智感兴趣的小林，失落臂朋友羽柴的否决，自愿成为其“助手”。在接连产生的奇怪事件傍边，小林很快和明智展开了查询拜访。