故事的舞台是互联网系统蓬勃的都会「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技巧社」通过高度的网络技巧修建而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却涌现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客团体「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”扑灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，胜利捕获了「SOL技巧社」和「海诺因骑士团」都想要到手的迷之AI法度模范。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找曩昔产生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」涌现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作曩昔的真相到底是———所有的谜底，都在「Link Vrains」中