面积占东京都西部1/3、人口跨越230万、八成以上由学生组成的学园都会，尖端科技成长迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level 5的御坂美琴（佐藤利奈 配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等石友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各类扰乱城市的阴谋。某天，在查询拜访一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美 配音），从而得知用美琴的DNA年夜批量复制超能力者的“量产型能力者筹划”。不安定的气氛在都会角落肆意蔓延……本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。