自己的阳台栏杆上涌现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节涌现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都会中，超能力已经可以通过科学技巧创造出来，然则眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女照样把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但下学回家，却发明茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。