雨果和父亲年夜山生活在一个普通的小村落里，但她却去过一个不为人知的神奇之地，那里就是神秘世界。一个与人类世界平行的神奇空间，普通人进入神秘世界，三天后就会酿成动物。传说，是神创造了这个神奇的世界，每年会有99只动物被选到这里，并成为族民，族长是一只奇怪的动物，它叫啦啦，是雨果最好的朋友。雨果自从记事后，就没有见过自己的妈妈。年夜山告诉雨果，妈妈常年在外进行科考工作。雨果异常想念妈妈，经常给她写信。一天，雨果突然发明，她写给妈妈的信并没有寄走，而是被年夜山藏了起来。雨果追问妈妈的下落，年夜山不得已说出了埋藏在心底多年的真相。原来，雨果的妈妈也曾经发明过神秘世界。为了寻找妈妈的下落，雨果和年夜山再次前往神秘世界。雨果的涌现，为神秘世界带来了一个充斥惊喜的早晨。雨果与神秘世界中的好朋友们再次重逢，族长啦啦的术数进步神速，熊年夜叔暗恋上了功夫与美貌并存的原住民首领兰。好朋友们正沉浸在重逢的喜悦中，一只疯疯癫癫的企鹅涌现，它说神秘世界即将扑灭，因为有一只恶龙闯入了神的领地......