被人类用基因技巧克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强年夜的恼怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。已经获得了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练年夜师为目标而赓续的旅行，他带着皮卡丘（年夜谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚停止了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。所在是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的准许了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于达到了新岛。一位叫乔伊的医生率领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家进场。没想到涌现在年夜家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场年夜战即将开始......