2002年冬天，横浜年夜桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众普遍对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（年夜林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机械人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了巅峰，处于戒严状态的东京面临着年夜骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的赞助下，后藤（年夜林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机械人进攻柘植的依据地…… 本片是押井守导演推出了《灵活警察PATLABOR》的第二部剧场版。