千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…立志成为精彩的宝可梦训练家的小智、小遥和小胜，带著皮卡丘展开了新的旅程。为了不雅看千年彗星涌现的刹那，来到法恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与黛安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的召唤声…。那是在“沉眠之茧”中沉睡了千年，可赞助人类杀青愿望的神奇瑰宝─基拉祈。在千年彗星涌现的夜晚，如果遇到拥有纯粹心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果真，基拉祈从万花镜般的光线中苏醒过来。虽然基拉祈只能停留短暂的7日就会再消失，然则头一次拥有属于自己的神奇瑰宝的小胜，对基拉祈却异常溺爱。充斥野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成...