在《数码瑰宝》冒险的3年后，数码世界又随即开始涌现新的危机，为此而涌现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。除了高石武和八神光外，原本被选中的孩子们都进入了中学，他们不克不及再长时间地守护数码世界和他们的数码瑰宝伙伴。某日，一位自称暴龙改革者的少年突然涌现进击数码瑰宝，还利用阴郁螺旋环和阴郁塔企图控制数码瑰宝们，妄图占领数码瑰宝世界。在他的处处强迫之下，数码瑰宝迫于无奈展开战斗。新一代被选中的孩子们共3个，他们分别是本宫年夜辅、井上京和火田伊织，另外还有高石武和八神光持续参战。他们每小我都获得一台新的神圣筹划——“D-3数码暴龙机”，他们以此通过电脑进入数码世界，另外一个用处是“装甲进化”，只要使用数码装甲就可以让他们的数码瑰宝即使在阴郁力量的控制下，也可以完成进化.....