在上古时期，仙界的元始天尊和灵宝天尊为了成长自己的势力，各自成立了阐教和截教，并在人界传道布教，搀扶署理人。很快，双方人马便爆发冲突，几千年来一直摩擦赓续，终于在人界引起一场旷世年夜战，俗称“封神之战”。封神之战，阐教势力年夜获全胜，然则元始天尊的终极神器“打神鞭”却在战后销声匿迹，再无音讯。3000年后，“打神鞭”的下落重现于世，线索直指人间，为了找到“打神鞭”，阐教势力在人间成立了“特殊事件治理局”（特管局）。特管局的成立并没有外面看上去那么简单，似乎隐藏着巨年夜的阴谋。而截教的残存势力也成立了“造神研究所”，暗地里勾搭妖界，研究人妖联合的终死力量，只为死灰复然。《三魂纪》的故事序幕由此展开。