《阿优之兔智来了》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨年夜的超等萝卜有天突然变小了，年夜家致电博士。博士疑惑巨石阵的土壤含有某种只对年夜萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，年夜萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛上一定还有同样的土壤，可以让年夜萝卜恢答复复兴状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了赞助年夜家，博士送来一只名叫兔智的机械人，它不仅智慧超群，还拥有各类能力。\r\n同时，U妈因为思子心切，来到萝卜岛。一行人带着超等萝卜乘坐飞艇展开拯救超等萝卜之旅。然则以兔菲为首的三只兔子依旧不死心，它们一路追随着阿U他们，起誓一定要获得超等萝卜。