果冻学院准备广招新生，谁知开学第一天却无人报名。原来东方求败与四年夜恶贼在花果山上开设了忍者学院，所有人都赶去学忍术。武术不再受迎接，即将要没落。果宝特攻去花果山理论，成果惨败在使用忍术的四年夜恶贼手下。一时之间，忍术所向披靡，受到整个水果世界的追捧。后来住持在花果山意外受重伤，三剑客被冤枉诬陷，说他们是欺师灭祖的叛逆，成果三剑客被打落山崖，机甲彻底损毁，从此被整个世界谴责遗弃。三剑客在小果丁的赞助下，前去莲珠谷寻找属于自己的莲珠，并以最新的水果嫁接技巧，将果宝机甲重组升级。之后他们决定重上花果山，寻找住持被害的真相，洗刷自己的罪名……