在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之饰），成果发明对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强年夜炼金术。依据梅尔文在牢狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的年夜国古雷达查询拜访。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫饰）。一番凌乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是年夜国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新中兴祖国与民族……本片依据荒川弘的漫画原著改编。