《境界线上的地平线Ⅱ》剧情紧接第一季动画剧情展开，讲述的是航空都会舰武藏在就出赫莱森·阿利亚达斯特之后，离开三河启航前往英国，希望能获得英国的支援。但由于无敌舰队海战历史再现开战在即，三征西班牙畏惧英国与武藏联手，决定先声夺人进击武藏。面对三征西班牙精锐进击，武藏与之相对后顺利逃脱，但在英国边疆却遭受英国“女王的盾符”成员进击，不得已只好暂时与赫莱森等人搭乘的运输舰切割。运输舰总算是平安上岸在第四阶层的海岸，英国却禁绝武藏舰上岸。武藏与英国经过谈判，决定举办联合校庆，但后续成长依旧困难重重。而此时，点藏·库罗斯优奈特在海岸边遇到一个满身伤痕的神秘人，解开了英国方面一段不为人知的隐情。