由幽灵·杜鲁布所率领的海盗团体，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以造孽之事。但随即被从中卧底的神奇瑰宝保育家杰克·渥卡所夺走。之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”子女的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在凌乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。年夜家便决定将它送回神殿；而幽灵为了获得隐藏在神殿内的宝贝“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开..