蜂蜜与四叶草讲述美年夜生─竹本裕太在贫穷与森田忍学长所带来的懊恼之中度过的年夜学生活。有一天，竹本他们的年夜学老师花本修司向他们介绍了他的亲戚花本育。竹本裕太对她一见钟情、而古怪的学长森田忍似乎也对她相当在意。然而，森田的恋爱表示（特别是最重要的小育）让人无法感触感染，周遭的人除了森田被小育所讨厌以外什么都不知道。可是、与森田熟识的竹本却注意到了森田真正的心意，才干洋溢的的天才森田学长居然是自己的情敌，这令竹本的心中抹上一股不安。然后，竹本的担心成了事实。小育和森田互相被对方所吸引，而双方也对此有了自觉。然而，两人的恋爱却不是一般人所能理解的，是一种天才之间灵魂的联合。小育与森田之间有着似乎名为恋爱的微妙关系，但森田却若有似无...