一年前，私家侦探鸣海庄吉和他的门生左翔太郎从神秘组织中解救出了一位少年。在逃亡进程中，庄吉中枪倒下了，剩下的两人走投无路……2009年秋天，在每个角落都有风车转动的城市——风都，翔太郎持续庄吉的衣钵经营着侦探事务所。庄吉的女儿鸣海亚树子来到翔太郎和一年前解围的少年菲利普面前，让他们马上离开。在与翔太郎纠缠的时候，亚树子得知了风都有怪人“掺杂体”作乱，而她也逐渐地被牵扯进了守卫风都的战斗中……