主角结城理因事故而失去双亲,现在由亲戚养育。因为家庭原因，他转学到了"私立月光馆学园"的高中部。入学后不久，他便被形态怪异的怪物“影”所袭击，并激发出隐藏在体内的Persona能力。由此，世界的真实景象首次展现在主角面前。