某年的圣诞夜，年夜批民众聚集到某栋年夜厦门外，抗议国度与库赞共和国的纯净水合作筹划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子率领队员巴特、陀古萨等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的灵活军队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军秘密军队501机关中佐的真室在陌头被人杀害，公安9科科长荒卷年夜辅在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接收荒卷的委托追查真相，在这一进程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇军队“攻壳灵活队”成立前夕的故事……