故事产生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然涌现了《幪面超人EX-AID》世界的仇敌怪人崩源体：为何不该涌现在这的仇敌会来到这世界？面对神秘仇敌而毫无应对办法的战兔，一个身体半边被金属笼罩的神神秘男人涌现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨年夜的机械，上空竟涌现了倒立的另一个世界。另一边，EX-AID的世界也产生同样的状况。有天空之壁的世界正逐渐的坠落到 EX-AID的世界，距离两个世界冲突碰撞的时间还剩下24小时。世界末日的倒数开始…！面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群战士。凌驾前作的范围，前所未见的动作排场，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开——