「光亮之心」的故事始于某一天，一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发明，其后更发明她的记忆和情感均已失去，而通过与岛上居民进行心灵交换，辉夜也一点点地取回了情感。与此同时，自己和平的温达利亚岛却引来了年夜量的海贼，原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和情感，同时也为了再次恢复温达利亚的和平，同样因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包屋工作和生在世的里克，决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅。