为了牟取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益剧烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞翔艇“Simoun”改革成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担负驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。把持“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为年夜人的时间。然则因为战争的爆发，她们的优秀能力不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……