这是一段攻壳灵活队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军秘密军队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市陌头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的行贿丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷年夜辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯法追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开查询拜访，并在一连串凶险追查的进程中与前特种军队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片依据士郎正宗的原作改编。