现为公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音），依照课长荒卷年夜辅（塾一久 配音）的指示外出查询拜访运输机被神秘并机的事件。成果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率领的武装分子的袭击。与此同时，遍布全国的交通管束系统也意外瘫痪。一切源于前七八联合军队的长官曾我和哉（泽木郁也 配音），他因制造难民虐杀事件遭到国度指控，而他的下属坚信这一切都是国度阴谋。曾我不甘被污，因此试图通过网络揭穿年夜国的丑行。素子在查询拜访进程中逐渐了解真相，而她也朝着组建自己的军队迈出重要的一步……本片为攻壳灵活队前传“ARISE”的第二部。