自从日本开发出只有女性能力把持的飞翔超武器“IS”（Infinite Stratos）之后，世界产生了翻天覆地的变更，女性的位置被提 升到优先准位。 Infinite Stratos培育IS把持者的学校“IS学院”每年回收来自世界各地的优秀候补生少女。 　　然而，主人公织斑一夏虽然是个男生却不知因为什么原因能够启动IS，因此他被强制送入了IS学院就读。织斑一夏从此成为女校中 的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女箒开始，不合国籍不合性格的少女们围绕着织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。 　　突然侵袭的仇敌，IS隐藏的秘密，以及织斑一夏和少女们的恋爱故事究竟将如何成长呢？