“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般弗成思议的世界。那个美丽而规矩的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激愤的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 　　“现实世界”，在持续旅行的小智和皮卡丘一行的面前涌现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感激神奇瑰宝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇瑰宝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨年夜的秘密。正准备离开神奇瑰宝中心的小智等人遇到了前来捕获洁咪的火箭队。而与此同时，神奇瑰宝中心外的装饰品的镜面上涌现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 　　从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广年夜而弗成思议的反转世界。 　　就在这时，骑拉帝纳突然涌现，向洁咪动员进击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人弗成以让骑拉帝纳生气。 　　正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的赞助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛涌现了。和洁咪一起持续着探索花圃之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 　　前所未有的冒险之旅的热潮，期待着你的是超出想像的“美丽奇