小智（松本梨香 配音）一行人持续着磨练身手的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（年夜谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强年夜的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝贝“勇者之杖”。然而，让小智没有想到的是，传说中的神奇瑰宝路卡利欧竟然从杖中献身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇瑰宝梦幻献身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的谜底。