在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有弗成思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发筹划的阿姆罗父亲──提姆･雷，获得吉翁方面MS开发筹划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而出发前往月球。在月球外面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都会SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起自力战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，骚乱的时代正要开始——。