迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了辽阔的宇宙。新领域时代的开启加快了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光亮的世界展开了反扑。僻静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。在月球外面的一次战斗中，超等胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨年夜战舰普罗米修斯的支援下，超等胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后涌现的侵略者莫内拉星人，阴郁进行着企图将全人类抹杀的可怕筹划。莫内拉星人牟取了普罗米修斯，并将它改革成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，出生出了超巨年夜植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼涌现了！