某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上牟取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接收掩护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来窃取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀不雅赏舞台剧，在剧场里错综庞杂的人群中，基德到底会假扮成谁涌现在年夜家面前，在紧张的埋伏等待中，涌现在年夜家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须掩护宝石，另一方面又不克不及拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不克不及松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发明假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片凌乱之中让基德逃脱了。不过，“命运的宝石”终究是掩护住了，牧树里为了表示感激，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在年夜家都搭上飞机前往函馆的机舱时，一幕精心设计的杀人剧就在年夜家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开产生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动呢？