柯南和小五郎等拉着年夜队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”邻近潜水时，意外遇到一年夜群正在寻找宝贝的猎人，不虞其中一人突然遭鲨鱼进击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开查询拜访。 \r柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着很年夜的关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后，猎人却突然现身，并偷走了原来发明的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在夙夜迟早！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的记号，柯南誓要逐步解开谜题。