战后中兴的东京，、少年侦探金田正太郎和他的“铁人28号”一起解决了一个接着一个的困难事件。然则在战争中行踪不明的正太郎的哥哥涌现在了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU取代）。为了战争而接收铁人操控训练后返回日本的SHOUTAROU却得知了博士的遗言为“将铁人留给弟弟正太郎”。而现在的日本也已恢复了和平，他的存在似乎变得毫无价值。但SHOUTAROU照样接收了这个现实，并向弟弟正太郎传授铁人的把持技巧。与此同时，东京埋藏着“废墟弹”的事实也被裸露了出来，那是铁人28号的开发者金田博士研制出来的最终武器。如果这个武器爆炸的话，东京将化为一片灰烬。SHOUTAROU转达了金田博士的另一个遗言：废墟弹的所在地只有铁人才知道……。 于是正太郎一行人开始积极准备废墟弹的收受吸收处理工作。但却突然涌现了一个名叫“白天的残月”的复员兵人。他指责正太郎没有持有铁人的资格，并赓续的企图杀死正太郎，干扰收受吸收工作。 现在，被铁人和废墟弹掩盖起来的可怕事实正在慢慢变得清晰……