迷你特工队胜利防御住了神怪博士的进击，为了应对今后的强敌，他们开发出了全新的超等恐龙机甲！真正的反派头领鬼面年夜王重新付与神怪博士加倍强年夜的力量，然则神怪博士照样屡战屡败。鬼面年夜王终于无法容忍神怪博士的失败，派遣了新的手下——狂野博士。年夜敌当前，迷你特工队迅速弥补了新的队员——丽娜。面对赓续变强的仇敌，包含丽娜在内的六名队员通过配合合作、运用智慧与勇气，最终击退一个又一个强敌，掩护了人类和地球。