在近未来，西太平洋上突然涌现了超巨年夜停滞性台风『GROUND ROAR』。因为它的涌现，世界的气候产生了巨年夜的变更。受它的影响，世界各地的海平面上升，海流、气候产生严重的更改，以亚洲为中心，给世界各地带来了巨年夜的灾害。这场自然给人们带来的灾害被后人们称为『CASE OMEGA』，它所带来的巨年夜伤痕永久的记录在了历史中。『GROUND ROAR』产生后50年，人类血汗的努力终于有了成果，海洋航路的重要性再次被人们所认识到、并迎来了第2次年夜帆海时代。然则，阴郁运动的现代化恐怖组织『海贼』们并不希望人们对海洋的成长。为了消除『海贼』的威胁，民间企业组建起了武装自卫机构。本片所讲述的，就是在这样的一个世界中，因为『海贼』的威胁、立志成为民间所属护卫舰的乘员...